睿宗既对做皇帝没有兴趣，又无法调和太子和公主之间的矛盾，因此想及早禅位，做一个安逸宁静的太上皇。景云二年二月，李旦下诏令皇太子李隆基监国。四月，李旦又召集三品以上的大臣，宣布想传位给太子，太子一派不敢表态，太平公主的私党则极力劝阻，李旦便采取了折中方法：“凡是政事都由太子负责处理。军事、死刑和五品以上官吏的任免，都先和太子商量，然后再上奏我。”这使太平公主对李隆基更加痛恨，必欲除掉而后快。先天元年（公元712年）七月，天空中出现了一颗彗星，太平公主趁机叫术士对睿宗说：“皇太子想要当皇帝了。”想以此激起睿宗对太子的忌恨。没想到这么一来反而促使睿宗下决心传位给李隆基。太平公主弄巧成拙，劝阻又不成，不得已而求其次，劝睿宗虽然传位，但是大权还要自己掌握。睿宗只好同意。

    先天元年八月，李旦传位给太子李隆基，自己称太上皇，自称为“朕”，下达的诏书叫做“诰”，五天一次在太极殿处理政事。太子李隆基自称为“予”，下达的诏书叫做“制”或“敕”，每天在武德殿处理政事。三品以上官吏的任免和大案件大政事，都由太上皇李旦亲自处理，其他的都由李隆基处理。

    李隆基虽然正式做了皇帝，但是太平公主在中央的权力依然很大。当时的7个宰相中，有四个是她的党羽，文武百官也多为公主一党的人，这些人对李隆基阳奉阴违。先天二年六月，李隆基和太平公主之间的斗争白热化，双方都在聚集力量，准备发动政变。最后，李隆基先发制人，派兵镇压太平公主一党，将窦怀贞等人诛杀，太平公主赐死于家，迅速扑灭了公主党的势力，完全控制了中央政权。睿宗便下诏宣布正式禅位，只做清闲安静的太上皇，迁居百福殿颐养天年。

    睿宗前后两次称帝，但真正在位的时间只有两年，禅位后为太上皇约4年，玄宗开元四年（公元716年）驾崩，终年55岁。庙号“睿宗”，谥号为“玄真大圣大兴皇帝”，被安葬在桥陵（今陕西蒲城县丰山）。