对于丈夫的这些作为，马皇后深为忧虑。

    马皇后是一位极有正义感又极善良的皇后，有时她的善良得甚至显得天真。朱元璋定天下的时候，她虽然对丈夫千依百顺，只要丈夫需要，她就做一切力所能及之事，如亲制军衣军鞋，又如统率部属妻儿，或者将所有财物尽数犒军。不过这些事情对于她来说，只是恪守夫唱夫随而已，对于丈夫的雄心壮志，她也表示赞襄，只是她同时热切地希望并向丈夫进言：“男儿建功立业，你要定天下当然是好事，可最好是多行仁义以正道取胜，尽量不杀人少杀人才好。”

    对于妻子的说法，朱元璋“善之”，不过可以想见他也只是“善”妻子的温柔敦厚，对于自己娶了个好女人高兴，而不是“善”妻子的意见。此后无论行军还是施政，他仍然往往在一片草菅人命的血雨腥风中进行。在权势富贵的斗争中，君子行径和偶尔的善念，只会让自己陷入万劫不复的境地。而朱元璋不但将这一点奉行不渝，而且发挥到了极端。朱元璋一定不明白，妻子读了那许多书史，怎么在这方面偏跟自己差这么远。

    为了劝谏丈夫宽待臣民，凡事三思，马皇后以“宋多贤后”的名义，在后宫中讲训宋朝家法。对于皇后的用意，曾有识窍的宫妃试图阻止，说宋朝治国理家过于仁厚，不足以效法。马皇后立即反驳：“过于仁厚有何不好？总要比刻薄好吧！”她又有意反问妃嫔：“黄老之术是什么？为何汉初窦太后好此？”妃嫔答道：“清净无为为本。若绝仁弃义，民复教慈，是其教矣。”马皇后据此叹道：“孝慈即仁义也，讵有绝仁义而为孝慈者哉？”

    朱元璋时常因为宫人的细微过错发怒，每逢这时马皇后也故意发怒，抢在朱元璋处罚之前下令将犯错的宫女送往宫正司议罪。朱元璋对妻子的做法非常不解，问皇后为什么？马皇后回答：“帝王不应以自己的一时喜恶决定刑罚封赏。陛下你在大怒之时判罪，只怕宫女所受处罚会过于畸重。交给宫正议罪就会合适些。也希望陛下你在朝堂之上不要凭一时情绪就决定臣民罪罚，将论罪之人交给司法机构会更好些。”

    可惜，朱元璋虽知妻子谏言的用意，但是他仍然不愿改变自己的处事方法。马皇后不得己，只能趁着他退朝还宫时，抓住少得可怜的机会劝说。亏了马皇后的力量，总算还是有好些人的性命得到了缓救。

    曾经有人向朱元璋报告，说参军郭景祥的儿子企图谋杀父亲，朱元璋立即暴怒，下令处死这个儿子。此事幸亏被马皇后听见，她立刻拦住，说：“郭景祥只有这么一个儿子，万一人言有误，你这不是把郭家的后代都给绝了吗？！”朱元璋这才反应过来，连忙召回杀手，派人去调查，果然是有人企图借皇帝的凶暴性子坑害郭家。

    李文忠是朱元璋早死的大姐的儿子，自幼跟随在朱元璋身边，做了他的养子，十九岁便成为一员骁将，为明王朝第三大功臣，于洪武二年封曹国公。他后来奉命镇守严州，有人告他行止不法，朱元璋也立即听信，打算将他召回来处治。马皇后劝说道：“临阵换将不宜，何况文忠多年紧随，一向贤能，难道别人一句话就可以这么相信？”这才救了李文忠的性命。而事实不久大白，果是诬告。

    宋濂是明初大儒，被公认为是世间第一才子，不但是太子老师，还主持编撰了《元史》。他本人也一向小心谨慎，总算平安退休。偏偏他的孙子宋慎被牵连进了“胡惟庸案”，倒霉的宋濂明明毫无过错竟也不能幸免，朱元璋非要把一大把年纪的他捉来处死不可。

    面对老师的悲惨结局，太子朱标伤心欲绝，苦苦向父亲哀求，马皇后也去求情：“老百姓对子弟们的师父，尚且要礼敬终身，何况天子之家？再说宋濂早已无官无职隐居乡里，也不可能被人网罗谋逆。”朱元璋却不肯听从。丈夫对无罪的老臣如此无情，马皇后感到非常